Annotation Collector
|
 |
|
 |
Annotation Collector は、遺伝子発現解析やMS での蛋白質同定結果などの網羅的な測定結果に対するアノテーションを簡単に素早く収集できるソフトウェアです。
何ができるの？
- アノテーションコレクタを使えば、主要なアノテーションを一発で取得できます。ターゲットが多い場合でも検索漏れの心配がありません。
- 自分でNCBIに検索するのと、結果に違いはありません。しかし、実際に試していただきますと、アノテーションの有無が一覧表示されますので、更新や検索漏れの有無に気づく場合があります。
- 検索対象の遺伝子／蛋白質が、数十〜数百ある場合でも、まとめて同時に検索し、結果を一覧表示することができます。網羅的な多量の測定結果にアノテーションを付与する際の手間や労力を大幅に省くことができます。
- NCBI Entrezの概略を一覧表示できるので、見落としがちな最新情報や重要情報がパッとひと目で把握できます。
- GOA(Gene Ontlogy Annotation)のGO Termが楽に収集できれば充分。多機能でなく、安価なソフトがあれば。というご要望にストレートにお答えできます。
主な特徴
１回の検索で、１遺伝子につき最大２０項目(GeneID,RefSeq,GO,KEGGなど)以上のアノテーション情報を検索／収集します。（検索対象のアノテーションは最大２０項目以上）
検索対象アノテーション項目一覧
| アノテーション項目 | 検索DB |
| Gene ID | NCBI |
| Gene Search item | NCBI |
| Official Symbol | NCBI |
| Official Name | NCBI |
| Primary source | NCBI |
| Organism | NCBI |
| Gene aliases | NCBI |
| Genomic Maps | UCSC |
| UniGene ID | NCBI |
| MIM (OMIM ID) | NCBI |
| RefSeq mRNA Sequence | NCBI |
| RefSeq Product | NCBI |
| RefSeq Source Sequence | NCBI |
| NCBI Nucleotide Definition | NCBI |
| UniProt_ENTRY NAME | UniProt |
| UniProt_ACCESSION NUMBER | UniProt |
| UniProt_Comment | UniProt |
| UniProt_EC Number | UniProt |
| GeneOntology:molecular_function | GO |
| GeneOntology:biological_process | GO |
| GeneOntology:cellular_component | GO |
| Kegg | Kegg |
| PubMed Link | NCBI |
| Conserved Domain (All the options are defaults.) | NCBI |
| Conserved Domain (All the options are defaults.) add Score ,E-value | NCBI |
検索結果は、見やすく一覧表示します
- １行に、1遺伝子、そして検索収集したアノテーションを一覧表示します。
- 検索結果を見やすく一覧表示します。パッとひと目みただけでアノテーションの有無に気づくことができます。
- 同時に複数のクエリーを投入し検索がおこなえます。
複数投入して検索が完了するまで、他の作業に時間を費やせます。 - 遺伝子発現解析や、MSでの蛋白質同定結果などの網羅的な測定結果へのアノテーション検索作業に便利！クエリー 数に上限はありません。
GeneSymbolなどのキーワードでアノテーションを収集できます
検索ごとに公共データベースへアクセスするので、常に最新の情報を収集できます
最新の公共データベースに検索します。インターネット経由でAnnotationCollectorサーバにアクセスしご利用いただきます。
更にこのような特徴があります
- 公共データベースのリンク先の情報を手繰り寄せるコツはいりません。
- 一覧表示しますので、ブラウザと格闘する必要はありません。
非モデル生物でも、オーソログ、ホモログ検索でも、Blast検索から相同配列のアノテーション検索・収集作業を自動化することができます
- 一般的に、非モデル生物の遺伝子資源は公共データベースでさえも登録情報が少ないです。
しかし、参考になる情報を探すために既知蛋白質データベース（NCBI Nr）にBlastし相同性のある配列をリストアップしてから、その由来遺伝子のアノテーションを収集する作業が考えられます。 - AnnotationCollectorを用いれば「Blastで相同配列を検索し、由来遺伝子のアノテーション検索・収集作業」を自動化することができます。収集した結果は、見やすく一覧表で表示されますので、欲しいアノテーションの有無や詳細を一目瞭然で評価することができます。また、Blastはマルチファスタファイルに対応していますので、一度にたくさんのターゲット配列を投入し検索・収集・表示まで自動でおこなうことができます。
- 例えば、一覧表をMS-EXCELなどで編集すればデータのまとめ作業も楽に進めることができます。
仕様、価格
価格
【価格】 |
198,000円（税別） | |
【内訳】 |
1ライセンス | 50,000円（税別） |
| 年間サポート料金 | 148,000円（税別） |
AnnotationCollector Standard は、インターネット経由でご利用いただきます。
ご注文後、お客様専用IDとPASSWORDをご用意いたします。
また、導入次年度以降は、年間サポート料をお支払いいただきますと、引き続き
最新バージョンのACをご利用いただけます。
ご注文後、お客様専用IDとPASSWORDをご用意いたします。
ご注文方法
下記メールへお客様名、所在地、ご連絡先、（電話、メールアドレス）、
注文数量、ご都合のよい代理店をお知らせ下さい。
パンフレット
パンフレットは、こちらからダウンロードして下さい。